Оснивање Института везује се за Уредбу о Техничком факултету од 6. јануара 1897. којом је било предвиђено оснивање Геодетског завода на Техничком факултету, у оквиру грађевинско-инжењерског одсека. Институт од тада егзистира непрекидно, с тим што првобитни назив Геодетски завод повремено мења у назив Геодетски институт, да би своје садашње име - Институт за геодезију и геоинформатику добио 2005.
Оснивање Геодетског завода повезано је са потребом стварања услова за извођење практичне наставе геодезије на тадашњем Техничком факултету. Огроман значај практичне наставе на терену, допринео је настанку експериментално-лабораторијске методе у настави геодезије, која се одржала до данашњих дана.
Садашњу физиономију Институт добија после Другог светског рата, када почиње да се бави прво научноистраживачким, а затим и стручним радом. Први корак у правцу организованог бављења научним и стручним проблемима на Институту начињен је школске 1957/58, када је започето редовно одржавање стручних и научних саопштења и приказа радова.
Године 1962. Институт, преко Института за грађевинарство, преузима појединачне привредне задатке који имају карактер научноистраживачког рада. Од 1969. склапају се уговори са заинтересованим радним и привредним организацијама директно преко администрације Грађевинског факултета. Број радова које изводи Институт нагло расте, стварају се сопствени фондови за набавку опреме и инструментарија и пружа се могућност наставном особљу да стиче неопходно искуство у реализацији практичних задатака.
Значајан период у развоју Института је од 1980. до 1990. када се у опусу радова Института појављују и радови студијског и вансеријског карактера. То је био знак сазревања Института у високостручну институцију богате репутације и способних појединаца. У том периоду Институт активно учествује у релизацији капиталних пројеката од интерса за државу као што су "Нивелман високе тачности" и "Савремена померања Земљине коре на подручју СФРЈ" и др. Такође су значајни и пројекти и радови из области инжењерске геодезије у којима су учествовали чланови Инстититута попут "1Д и 2Д мрежа за потребе изградње обилазнице ауто-пута Е70 око Београда", "Геодетске основе за мерење и израда геодетских подлога за пројекат реконструкције и доградњу полетно-слетне стазе Аеродрома–Београд". У периоду од 1990. до данас, због околности које су задесиле земљу, развој Института је значајно успорен, али не у потпуности и прекинут. Институт за геодезију данас егзистира као једна од шест радних јединица Грађевинског факултета Универзитета у Београду. Институт не наступа као правно лице, већ то за њега чини Грађевински факултет. Институт има сопствену мерну и рачунарску опрему, лабораторије које опрема и осавремењава у складу са својим могућностима. У саставу Института раде Лабораторија за фотограметрију, Лабораторија за картографију, Лабораторију за премер и Метролошка лабораторија за преглед мерила у геодезији, која је акредитована од Југословенског акредитационог тела. У надлежности Института су и Центар за скенирање и плотовање и АГРОС центар.